Vua Lê Kính Tông húy là Lê Duy Tân, là con thứ của Lê Thế Tông, mẹ là Ý Đức Hoàng thái hậu Nguyễn thị, người xã Duy Tinh, huyện Thần Lộc (nay là xã Thuần Lộc, huyện Hậu Lộc, tỉnh Thanh Hóa).

Năm 1599, Tả tướng Trịnh Tùng ép vua Lê Thế Tông phải phong cho mình làm Đô Nguyên súy Tổng quốc chính thượng phụ Bình An vương, là chức quan cao nhất trong triều, chỉ đứng sau vua. Ông lại cho xây phủ chúa ở ngay bên cạnh triều đình vua Lê, và từ đó phủ chúa trở thành nơi bàn định công việc của đất nước. Triều đình chỉ còn là hư danh, vua Lê chỉ có 5000 lính túc vệ, thuế 1000 xã để chi dụng, còn những việc đặt quan, thu thuế, bắt lính, trị dân, đều thuộc về quyền họ Trịnh cả; chỉ có khi nào thiết triều hay là tiếp sứ thì mới cần đến vua mà thôi. Đó là bắt đầu sự nghiệp 200 năm của các chúa Trịnh ở Đàng Ngoài.

Ngày 12 tháng 10 năm đó, vua Thế Tông qua đời, Bình An vương Trịnh Tùng bàn với các quan rằng Thái tử (chưa rõ tên) không được thông minh mẫn tiệp, bèn lập Duy Tân lên làm vua, tức là Lê Kính Tông. Đó là ngày 15 tháng 10 năm 1599.